黔东南州民族博物馆是公益性文化事业单位，内设六个部室。

一、办公室（财务室）

负责落实完成馆内各项行政事务及外联工作；负责完成文件收发打印及归档；负责物资管理；负责年报、统计工作；负责馆内卫生、绿化等后勤事务；负责人事、职称、年检、年终考核工作；负责全馆财务、固定资产管理等工作；严格执行财务制度、搞好财务核算，做好记账、对账、结账工作。

二、研究中心

负责对民族文化遗产实物和无形资料等进行搜集、发掘、整理，并开展研究、保护、传习和开发等工作。

三、征集保管部 

负责完成文物的征集与调研工作；完成文物的保管养护定级管理工作；对馆藏文物进行出入库管理；对馆藏文物进行研究、对文物征集、保管、养护、定级等工作进行研究。

四、陈列部

负责制定展览规划和实施；负责陈列展览的内容设计和形成设计；对展览工作进行研究。

五、宣教部

负责制定外宣工作计划和实施；做好日常接待、讲解等；做好对外宣传、联谊、交流的工作。

六、安保部

负责做好文物安全保障，维持游客的参观秩序和人身安全；定期开展安全培训、演练与宣传；组织安全检查与设施维护；加强协调与沟通，落实安全隐患整治工作；加强安全管理，确保博物馆整体的安全运行。